首先，《水法》明确了综合利用水资源的原则。第四条规定：“国家鼓励和支持开发利用水资源和防治水害的各项事业。”“开发利用水资源和防治水害，应当全面规划、统筹兼顾、综合利用、讲求效益，发挥水资源的多种功能。”该条确立了两个原则：一是国家要大力开发利用水资源，这就包括航道利用方面；二是水资源的开发利用要讲究综合效益，航运、灌溉、发电等方面的利用都应彼此协调，不能顾此失彼。

    其次，《水法》对水资源管理体制做出了符合我国国情的规定。第九条规定了水资源的管理体制：以水行政主管部门的管理为主，其他部门按照职责分工，负责有关的水资源管理工作。水行政主管部门并不是惟一的水资源主管部门，其他部门按照自身的职责，在法律规定的范围内负责水资源管理工作。航道部门负责航道保护和利用为主的水资源管理工作，那种认为航道部门不能依据《水法》进行航道管理的观点是错误的。

    再次，《水法》对水资源的航道、航运开发利用方面，作出了相应的具体规定，主要有：

    1、《水法》第十一条第四款规定：“经批准的规划是开发利用水资源和防治水害活动的基本依据。规划的修改，必须经原批准机关核准。”不管是防洪、治涝、灌溉规划，还是航运、供水、水力发电等的规划，一经有权部门批准，都应该是水资源开发利用的基本依据。任何部门都不能只遵守对其中某一些规划，而违背另一些规划。

    2、《水法》第十四条规定：“开发利用水资源，应当首先满足城乡居民生活用水，统筹兼顾农业、工业用水和航运需要。”该条首先强调了在开发利用水资源时应先优先考虑城乡居民用水；其次是在此前提下对农业、工业用水和航运需要应做到统筹兼顾。

    3、《水法》第十七条规定：“在通航河流上修建永久性拦河闸坝，建设单位必须同时修建过船设施，所需费用由建设单位承担。”该条是综合利用水资源的具体表现之一。修建拦河闸坝可以防洪、发电、灌溉，但同时也要满足航运需要，建设单位必须建设过船设施，而且是“同时修建”，即：同时设计、同时施工、同时投入使用。

    同时该条第三款还规定：“现有的碍航闸坝，由县级以上人民政府责成原建设单位在规定的期限内采取补救措施。”

    4、《水法》第十九条规定：“修建拦河、跨（过）河、临河建筑物必须符合国家规定的防洪标准、通航标准和其他有关的技术要求。”如何认定拦河、跨（过）河建筑物是否碍航，只有通过国家发布的通航标准才能确定。

    5、《水法》第二十条规定：“兴建水工程或者其他建设项目，对原有灌溉用水、供水水源或者航道水量有不利影响的，建设单位应当采取补救措施或者予以补偿。”

    6、《水法》第二十四条规定：“禁止设置碍航物和规范航道范围内的采砂作业。”

    7、《水法》第二十八条规定：“国家保护水工程及堤防、护岸等有关设施，保护防汛设施、水文监测实施，水文地质监测设施和导航、助航设施，任何单位和个人不得侵占、毁环。”